$\require{mediawiki-texvc}$

연합인증

연합인증 가입 기관의 연구자들은 소속기관의 인증정보(ID와 암호)를 이용해 다른 대학, 연구기관, 서비스 공급자의 다양한 온라인 자원과 연구 데이터를 이용할 수 있습니다.

이는 여행자가 자국에서 발행 받은 여권으로 세계 각국을 자유롭게 여행할 수 있는 것과 같습니다.

연합인증으로 이용이 가능한 서비스는 NTIS, DataON, Edison, Kafe, Webinar 등이 있습니다.

한번의 인증절차만으로 연합인증 가입 서비스에 추가 로그인 없이 이용이 가능합니다.

다만, 연합인증을 위해서는 최초 1회만 인증 절차가 필요합니다. (회원이 아닐 경우 회원 가입이 필요합니다.)

연합인증 절차는 다음과 같습니다.

최초이용시에는
ScienceON에 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 로그인 (본인 확인 또는 회원가입) → 서비스 이용

그 이후에는
ScienceON 로그인 → 연합인증 서비스 접속 → 서비스 이용

연합인증을 활용하시면 KISTI가 제공하는 다양한 서비스를 편리하게 이용하실 수 있습니다.

돌말류 분석 자료 정도 관리의 현황 및 전망
Current Status and Prospects for the Data Quality Control in Terms of Diatom Analysis 원문보기

바다 : 한국해양학회지 = The sea : the journal of the Korean society of oceanography, v.26 no.3, 2021년, pp.238 - 247  

김혜숙 (한국해양대학교 해양과학기술전문대학원 해양과학기술융합학과) ,  김종성 (서울대학교 자연과학대학 지구환경학부 및 해양연구소) ,  박진순 (한국해양대학교 해양환경학과 및 해양과학기술전문대학원 해양과학기술융합학과)

초록
AI-Helper 아이콘AI-Helper

돌말류미세조류의 일종으로서 담수 및 해양의 여러 다양한 환경의 수생태계에서 가장 중요한 1차 생산자 중 하나이다. 환경을 대표할 수 있는 생물 지표로서 널리 이용되고 있으며, 여러 지역에서 서로 다른 과학자들에 의한 연구 결과들이 과학적 통일성과 객관성을 갖추도록 하기 위해서는 돌말류 분석 자료의 정도 관리가 매우 중요하다. 현재 돌말류 분석은 형태적인 특징으로 분류하는 형태 기반의 분석과 DNA 서열로 종을 식별하는 DNA 바코드 분석이 사용되고 있다. 형태학 기반의 돌말류 분류는 분석 자료를 해석하는 분류학자들 간의 일관된 종 식별이 요구되는 한편 분자 분류 기반의 돌말류 분류는 신뢰성 있는 참조데이터가 필수적이다. 본 논문에서는 돌말류 분석 자료 정도관리의 국내외 현황을 우선 살펴보았으며, 그에 기반하여 국내 돌말류 분석 자료의 정도 관리에 대한 의견을 또한 제안하였다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Diatoms are a type of microalgae which inhabits a wide variety of environments as one of the most important primary producers of freshwater and marine ecosystems. They have been widely used as bioindicators which represent the environmental characteristics, thus proper quality control of diatom data...

주제어

표/그림 (1)

참고문헌 (63)

  1. Amato, A. and M. Montresor, 2008. Morphology, phylogeny, and sexual cycle of Pseudo-nitzschia mannii sp. nov. (Bacillariophyceae): a pseudo-cryptic species within the P. pseudodelicatissima complex. Phycologia, 47(5): 487-497. 

  2. Anonymous, 1703. Two Letters from a Gentleman in the Country, relating to Mr. Leuwenhoeck's Letter in Transaction, No. 283.Communicated by Mr. C. Phil Trans, 23(288): 1494-1501. 

  3. Archibald, R., 1984. Diatom illustrations-an appeal. Bacillaria, 7: 173-178. 

  4. Benson, D.A., M. Cavanaugh, K. Clark, I. Karsch-Mizrachi, J. Ostell, K.D. Pruitt and E.W. Sayers, 2018. GenBank. Nucleic Acids Res, 46(D1): D41-D47. 

  5. Coleman, C.O. and A. Radulovici, 2020. Challenges for the future of taxonomy: talents, databases and knowledge growth. Megataxa, 1(1): 28-34. 

  6. Cox, E.J., 1987. Placoneis Mereschkowsky: the re-evaluation of a diatom genus originally characterized by its chloroplast type. Diatom Res., 2(2): 145-157. 

  7. Crawford, R.M., 1981. The siliceous components of the diatom cell wall and their morphological variation. In Silicon and siliceous structures in biological systems (pp. 129-156). Springer, New York, NY. 

  8. Ehrenberg, C.G., 1838. Die Infusionsthierchen als vollkommene Organismen. Ein Blick in das tiefere organische Leben der Natur. Leipzig, Leopold Voss. 

  9. Evans, K.M., A.H. Wortley and D.G. Mann, 2007. An assessment of potential diatom "barcode" genes (cox1, rbcL, 18S and ITS rDNA) and their effectiveness in determining relationships in Sellaphora (Bacillariophyta). Protist, 158: 349-364. 

  10. Evans, K.M., A.H. Wortley, G.E. Simpson, V.A. Chepurnov and D.G. Mann, 2008. A molecular systematic approach to explore diversity within the Sellaphora pupula species complex (Bacillariophyta). J. Phycol., 44: 215-231. 

  11. Falciatore, A. and C. Bowler, 2002. Revealing the molecular secrets of marine diatoms. Annu. Rev. Plant Biol., 53(1): 109-130. 

  12. Falkowski, P.G., R.T. Barber and V. Smetacek, 1998. Biogeochemical controls and feedbacks on ocean primary production. Science, 281: 200-6. 

  13. Fourtanier, E. and J.P. Kociolek, 1999. Catalogue of the diatom genera. Diatom Res., 14(1): 1-190. 

  14. Glockner, F.O., 2019. The SILVA database project: an ELIXIR core data resource for high-quality ribosomal RNA sequences. Biodivers. Inf. Sci. Stand., 3: e36125. 

  15. Gmelin, J.F., 1791. Carolia Linne... Systema Naturae per regna tria naturae secundum classes, ordines, genera species cum characteribus, differentiis, synonymis, locis. Ed. 13, Tomus I. Pars VI. Vermes Infusoria. pp. 3021-3910. Lipsiae [Lepizig]: Georg Emanuel Beer. 

  16. Gregory, W., 1857. On some new forms of marine Diatomaceae found in the Firth of Clyde and in Loch Fyne. Trans R Soc Edinb Earth Sci., 21: 473-542. 

  17. Greville, R.K., 1857. Description of some new diatomaceous forms from the West Indies. Quarterly Journal of Microscopical Science, London, 5: 7-12. 

  18. Hamsher, S.E., K.M. Evans, D.G. Mann, A. Poulickova and G.W. Saunders, 2011. Barcoding diatoms: exploring alternatives to COI-5P. Protist, 162: 405-422. 

  19. Harris, D.J., 2003. Can you bank on GenBank? Trends Ecol. Evol., 18: 317-319. 

  20. Hebert, P.D., A. Cywinska, S.L. Ball and J.R. Dewaard, 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proc. Royal Soc. B, 270(1512): 313-321. 

  21. Hebert, P.D., M.Y. Stoeckle, T.S. Zemlak and C.M. Francis, 2004. Identification of birds through DNA barcodes. PLOS Biol., 2(10): e312. 

  22. Im, A., J.S. Khim and J. Park, 2020. Taxonomy and distribution of two small Tryblionella (Bacillariophyceae) species from the Northeast Asian tidal flats. J. Species Res., 9(3): 191-197. 

  23. Johns, G.C. and G.C. Avise, 1998. A comparative summary of genetic distances in the vertebrates from themitochondrial cytochrome b gene. Mol. Biol. Evol., 15: 1481-1490. 

  24. Kawecka, B. and M. Olech, 1993. Diatom communities in the Vanishing and Ornithologist Creek, King George Island, South Shetlands, Antarctica. Hydrobiologia, 269-270, 327-333. 

  25. Kermarrec, L., A. Franc, F. Rimet, P. Chaumeil, J.F. Humbert and A. Bouchez, 2013. Next-generation sequencing to inventory taxonomic diversity in eukaryotic communities: a test for freshwater diatoms. Mol Ecol Resour, 13(4): 607-619. 

  26. Kim, H., J.S. Khim and J. Park, 2020. First Report of Navicula spartinetensis (Bacillariophyceae) from Korean Tidal Flats Along with Its Distribution in Northeast Asia. J. Korean Soc. Oceanogr., 25(4): 97-105. 

  27. Kusber, W.H. and R. Jahn, 2007. AlgaTerra Information System: Types data and data types. In Proceedings of the 1st Central European Diatom Meeting, pp. 97-100. 

  28. Kutzing, F.T., 1833. Synopsis Diatomacearum oder Versuch einer systematischen Zusammenstellung der Diatomeen. Linnaea, 8: 529-620. 

  29. Kutzing, F.T., 1844. Die Kieselschaligen BacilLarien oder Diatomeen. W. Kohne Nordhausen. 152 pp. 

  30. Lavoie, I., P.B. Hamilton, Y.K. Wang, P.J. Dillon and S. Campeau, 2009. A comparison of stream bioassessment in Quebec (Canada) using six European and North American diatom-based indices. Nova Hedwigia, 135: 37-56. 

  31. Luddington, I.A., I. Kaczmarska and C. Lovejoy, 2012. Distance and characterbased evaluation of the V4 region of the 18S rRNA gene for the identification of diatoms (Bacillariophyceae). PLoS ONE, 7: e45664. 

  32. MacGillivary, M.L. and I. Kaczmarska, 2011. Survey of the efficacy of a short fragment of the rbcL gene as a supplemental DNA barcode for diatoms. J. Eukaryot. Microbiol., 58: 529-536. 

  33. Mann, D.G., 1999. The species concept in diatoms. Phycologia, 38: 437-495. 

  34. Mann, D.G., R.M. Crawford and F.E. Round, 2017. "Bacillariophyta." Handbook of the Protists, Springer, Cham: 1657. 

  35. Mann, D.G., S. Sato, R. Trobajo, P. Vanormelngen and C. Souffreau, 2010. DNA barcoding for species identification and discovery in diatoms. Cryptogam., Algol., 31: 557-577. 

  36. Meiklejohn, K.A., N. Damaso and J.M. Robertson, 2019. Assessment of BOLD and GenBank-Their accuracy and reliability for the identification of biological materials. PLoS ONE, 14(6): e0217084. 

  37. Moniz, M.B. and I. Kaczmarska, 2009. Barcoding diatoms: Is there a good marker?. Mol Ecol Resour, 9: 65-74. 

  38. Mora, C., D.P. Tittensor, S. Adl, A.G. Simpson and B. Worm, 2011. How many species are there on Earth and in the ocean?. PLOS Biol., 9(8): e1001127. 

  39. Morrow, A.C., T.R. Deason and D. Clayton, 1981. A NEW SPECIES OF THE DIATOM GENUS EUNOTIA 1. J. Phycol., 17(3): 265-270. 

  40. Park, J. and C.-H. Koh, 2012. Taxonomic studies on Korean marine benthic diatoms LM and SEM observations of the diatom genus Amphora from Korean tidal flats. Ocean Sci. J., 47: 101-112. 

  41. Park, J., B.-O. Kwon, M. Kim, S. Hong, J. Ryu, S.J. Song and J.S. Khim, 2014. Microphytobenthos of Korean tidal flats: A review and analysis on floral distribution and tidal dynamics. Ocean Coast Manag, 102: 471-482. 

  42. Pecnikar, Z.F. and E.V. Buzan, 2014. 20 years since the introduction of DNA barcoding: from theory to application. J. Appl. Genet., 55(1): 43-52. 

  43. Quast, C., E. Pruesse, P. Yilmaz, J. Gerken, T. Schweer, P. Yarza, J. Peplies and F.O. Glockner, 2012. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Res, 41: D590-D596. 

  44. Ratnasingham, S. and P.D. Hebert, 2007. BOLD: The Barcode of Life Data System (http://www.barcodinglife.org). Mol. Ecol. Notes, 7(3): 355-364. 

  45. Rimet, F., P.Chaumeil, F. Keck, L. Kermarrec, V. Vasselon, M. Kahlert and A. Bouchez, 2016. R-Syst:: diatom: an open-access and curated barcode database for diatoms and freshwater monitoring. 

  46. Round, F.E., R.M., Crawford and D.G. Mann, 1990. The Diatoms. Cambridge, New York. 747 pp. 

  47. Sato, S., W.H. Kooistra, T. Watanabe, S. Matsumoto and L.K. Medlin, 2008. A new araphid diatom genus Psammoneis gen. nov.(Plagiogrammaceae, Bacillariophyta) with three new species based on SSU and LSU rDNA sequence data and morphology. Phycologia, 47(5): 510-528. 

  48. Shen, Y.Y., X. Chen and R.W. Murphy, 2013. Assessing DNA barcoding as a tool for species identification and data quality control. PLoS ONE, 8(2): e57125. 

  49. Skvortzow, B.W., 1929. Freshwater diatoms from Korea, Japan. hilipp J. Sci., 38: 283-291. 

  50. Smith, W., 1853. A synopsis of the British Diatomaceae, vol. 1. London, J. van Voorst. 

  51. Smith, W., 1856. A synopsis of the British Diatomaceae, vol. 2. London, J. van Voorst. 

  52. Sogin, M.L., H.G. Morrison, J.A. Huber, D.M. Welch, S.M. Huse, P.R. Neal, J.M. Arrieta and G.J. Herndl, 2006. Microbial diversity in the deep sea and the underexplored "rare biosphere". Proc. Natl. Acad. Sci., 103: 12115-12120. 

  53. Treguer, P., D.M. Nelson, A.J. Van Bennekom, D.J. DeMaster, A. Leynaert and B. Queguiner, 1995. The silica balance in the world ocean: A reestimate, Science, 268: 375-379. 

  54. Underwood, G.J.C. and J. Kromkamp, 1999. Primary production by phytoplankton and microphytobenthos in estuaries. Adv. Ecol. Res., 29: 93-153. 

  55. Valentin, V., R. Frederic, D. Isabelle, M. Olivier, R. Yorick and B. Agnes, 2019. Assessing pollution of aquatic environments with diatoms' DNA metabarcoding: experience and developments from France Water Framework Directive networks. Metabarcoding Metagenom., 3: e39646. 

  56. Valentini, A., F. Pompanon and P. Taberlet, 2009. DNA barcoding for ecologists. Trends Ecol. Evol., 24: 110-117. https://doi.org/10.1016/j.tree.2008.09.011. 

  57. Ward, R.D., T.S. Zemlak, B.H. Innes, P.R. Last and P.D. Hebert, 2005. DNA barcoding Australia's fish species. Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci., 360(1462): 1847-1857. 

  58. Wesche, P.L., D.J. Gaffney and P.D. Keightley, 2004. DNA sequence error rates in Genbank records estimated using the mouse genome as a reference. Dna Sequence, 15(5-6): 362-364. 

  59. Yilmaz, P., L.W. Parfrey, P . Yarza, J . Gerken, E. Pruesse, C. Quast, T. Schweer, J. Peplies, W. Ludwig and F.O. Glockner, 2014. The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks. Nucleic Acids Res, 42: D643-D648. 

  60. Yool, A. and T. Tyrrell, 2003. Role of diatoms in regulating the ocean's silicon cycle. Global Biogeochem Cycles, 17: 1103. 

  61. Zemlak, T.S., R.D. Ward, A.D. Connell, B.H. Holmes, and P.D. Hebert, 2009. DNA barcoding reveals overlooked marine fishes. Mol Ecol Resour, 9: 237-242. 

  62. Zimmermann, J., R. Jahn and B. Gemeinholzer, 2011. Barcoding diatoms: evaluation of the V4 subregion on the 18S rRNA gene, including new primers and protocols. Org. Divers. Evol., 11: 173-192. 

  63. Zimmermann, J., G. Glockner, R. Jahn, N. Enke and B. Gemeinholzer, 2015. Metabarcoding vs. morphological identification to assess diatom diversity in environmental studies. Mol Ecol Resour, 15(3): 526-542. 

저자의 다른 논문 :

관련 콘텐츠

오픈액세스(OA) 유형

BRONZE

출판사/학술단체 등이 한시적으로 특별한 프로모션 또는 일정기간 경과 후 접근을 허용하여, 출판사/학술단체 등의 사이트에서 이용 가능한 논문

이 논문과 함께 이용한 콘텐츠

저작권 관리 안내
섹션별 컨텐츠 바로가기

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

AI-Helper 아이콘
AI-Helper
안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

선택된 텍스트

맨위로