보고서 정보
주관연구기관 |
성균관대학교 SungKyunKwan University |
연구책임자 |
최준영
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보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
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발행년월 | 2019-03 |
과제시작연도 |
2018 |
주관부처 |
과학기술정보통신부 Ministry of Science and ICT |
과제관리전문기관 |
한국연구재단 National Research Foundation of Korea |
등록번호 |
TRKO202000006550 |
과제고유번호 |
1711069951 |
사업명 |
개인기초연구(과기정통부)(R&D) |
DB 구축일자 |
2020-07-29
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키워드 |
FDG 양전자단층방출촬영.차세대염기서열분석법.해당작용.간세포암.영상 표현형.유전형.글루타민.FDG PET.NGS.glycolysis.EGLN3.PKM2.hepatocellular carcinoma.imaging phenotype.genotype.glutamine.
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초록
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□ 연구개요
다양한 imaging phenotype을 보이는 종양들에서 next-generation sequencing(NGS)방법을 이용한 whole transcriptome, exome sequencing analysis를 이용하여 암세포의 imaging phenotype과 관련한 biological pathways, molecular mechanism을 규명하고 imaging phenotype 기반의 tumor subtype을 분류함.
간암에서 metabolic imaging phenotype 차이를 가져오는 유전적
□ 연구개요
다양한 imaging phenotype을 보이는 종양들에서 next-generation sequencing(NGS)방법을 이용한 whole transcriptome, exome sequencing analysis를 이용하여 암세포의 imaging phenotype과 관련한 biological pathways, molecular mechanism을 규명하고 imaging phenotype 기반의 tumor subtype을 분류함.
간암에서 metabolic imaging phenotype 차이를 가져오는 유전적 기전을 규명하기 위한 영상표현형-유전형(imaging phenotype-genotype) 관련성 연구를 통해서 환자 맞춤형 치료에 적용 가능한 분자 영상학적인 지식 기반을 마련함.
□ 연구 목표대비 연구결과
간세포암의 FDG 섭취가 증가될수록 RNA 발현이 증가되는 유전자는 EGLN3, ERO1L, HK2, IL4I1, PKM2, HS6ST2 이고, FDG 섭취가 증가될수록 RNA 발현이 감소되는 유전자는 ADH4, ADH6, HSD17B4, SLC2A2, MARC2, ALDH2 임.
대사관련 10개의 유전자 EGLN3, ERO1L, HK2, IL4I1, PKM2, ADH4, SLC2A2, SLC2A1, MARC2, ALDH2 로 구성된 gene expression signature로 예후 예측 모델을 만들었고 C-index 67.56의 정확도로 예후가 나쁜 환자를 예측할 수 있었음.
정상세포와 비슷하거나 낮은 tumor glycolysis 영상표현형을 보이는 종양들은 기존 FDG PET/CT 영상 검사의 진단 정확도가 낮은데 이 연구를 통해서 이러한 종양들에서는 glutamine 대사와 관련한 GLUL 유전자의 발현이 증가되어 있어서 aerobic glycolysis 항진과 관련한 glucose 대사 기반의 PET 영상 보다는 glutamine 대사 기반의 PET tracer를 이용한 영상이 유용할 것으로 추정됨.
□ 연구개발결과의 중요성
Hypoxia-inducible factor 1(HIF-1)의 작용과 밀접한 관련이 있는 EGLN3(PHD3), PKM2 유전자들은 높은 tumor glycolysis 영상표현형, 나쁜 예후와 관계가 높기 때문에 간세포암에서 새로운 신약의 treatment target으로 가능성이 있으며, FDG 섭취가 낮은 간세포암에서는 glutamine tracer 기반의 PET영상을 시행하는 것이 필요함.
(출처 : 연구결과 요약문 3p)
Abstract
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We aimed to develop a novel gene signature to improve the prognostic prediction of hepatocellular carcinoma (HCC). We performed the next-generation sequencing including whole transcriptome and exome sequencing of 60 tumor tissues and 60 paired normal liver tissues. Tumor-to-normal liver SUV ratios (
We aimed to develop a novel gene signature to improve the prognostic prediction of hepatocellular carcinoma (HCC). We performed the next-generation sequencing including whole transcriptome and exome sequencing of 60 tumor tissues and 60 paired normal liver tissues. Tumor-to-normal liver SUV ratios (TLR) on FDG PET/CT scan were measured as a imaging phenotype.
Using the molecular signatures database, a set of metabolic genes encoding proteins involved in glycolysis, gluconeogenesis, pentose-phosphate pathway, and fatty acid metabolism was selected for association analysis between imaging phenotype and genotype.
Tumor TLR had moderately positive correlations with expression levels of EGLN3, ERO1L, HK2, IL4I1, PKM2, HS6ST2 genes and moderately negative correlations with expression levels of ADH4, ADH6, HSD17B4, SLC2A2, MARC2, ALDH2 genes.
We identified and validated a ten-gene prognostic signature (EGLN3, ERO1L, HK2, IL4I1, PKM2, ADH4, SLC2A2, SLC2A1, MARC2, ALDH2) for patients with HCC, which were significantly associated with overall survival in the publicly available TCGA-LIHC data.
(출처 : 영문 요약 2p)
목차 Contents
- 표지 ... 1
- 영문 요약 ... 2
- 연구결과 요약문 ... 3
- 목차 ... 4
- 1. 연구개발과제의 개요 ... 5
- 2. 연구수행내용 및 연구결과 ... 5
- (1) 연구 대상 선정 및 샘플 준비 ... 5
- (2) Workflow of advanced PET/CT imaging analysis ... 6
- (3) Workflow of whole exome and transcriptome sequencing ... 6
- (4) Standard bioinformatics analysis ... 7
- (5) Whole Exome Sequencing 분석 결과 ... 7
- (6) Whole Transcriptome Sequencing (RNA-Seq) 분석 결과 ... 9
- 3. 연구개발결과의 중요성 ... 18
- 4. 참고문헌 ... 20
- 5. 연구성과 ... 20
- 대표적 연구실적 ... 20
- 끝페이지 ... 20
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